Фрески кидекшской церкви отличаются некоторым архаизмом и, по мнению В. Н. Лазарева, «отступлением от канонической церковной системы» . Не особенно высокий уровень письма кидекшских фресок объясняется, по всей вероятности, тем, что церкви не отводили заметного места в числе принадлежащих великому князю.
Фрагмент фрески в аркосолии на северной стене церкви Бориса и Глеба в Кидекше
К тому же в то время Кидекша была имением семьи брата Всеволода Бориса Юрьевича, но ее расписали до середины 1180-х годов, раньше храмов во Владимире. Это объясняется, по-видимому, тем, что храм в Кидекше украсили как памятник, связанный с именами святых князей Бориса и Глеба и построенный Юрием Долгоруким. Бориса и Глеба чтили в качестве ратных помощников, следовательно, церковь могли расписать в память о победах Всеволода в битвах 1177 года за владимирское княжение. Обидчик Всеволода — Андрей Боголюбский завершил строительство Юрия в Переславле, Всеволод же окончил дело Юрия в Кидекше.
От фресок 1180-х годов сохранились остатки исполненных в мягкой розово-коричневой гамме деревьев райского сада на стенах княжеских хор, фрагменты фриза из завес с изображениями на них символа Богоматери — семисвечника в центральной апсиде, остатки композиций «Отречение Петра», «Три отрока в пещи огненной», «Успение Богоматери». В 1947 году в аркосолии на северной стене открыли изображение двух женских фигур среди деревьев райского сада: святой Марии и императрицы Евфросинии. В северном аркосолии погребены жена князя Бориса — Мария и дочь Евфросиния, умершая в 1202 году, после чего Кидекша перешла во владение великого князя Всеволода. Убедительной представляется версия Н. П. Сычева, что под видом императрицы Евфросинии в росписи аркосолия изображена мать Всеволода — византийская принцесса Комнина.
